Перший серійний варіант перехоплювача одержав найменування Tornado F.2, але ще не був повноцінним бойовим літаком. Ці машини оснащувалися "старими" двигунами версії Мк.103, а замість радіолокаторів спочатку несли вагові балансири. Навіть коли вони одержали свої РЛС, ті не відповідали вимогам по перешкодозахищеності, і ставити на бойове чергування такі літаки було не можна. Їхнім головним завданням стала підготовка екіпажів.

Лише 20 листопада 1985 р. у повітря піднявся літак (per. № ZE154) з удосконаленим радаром AI.24 Foxhunter Type W. Модернізований перехоплювач одержав позначення Tornado F.3. Він був нарешті-те оснащений двигунами RB199-34R Мк.104. а також новим бортовим комп'ютером Litef Spirit III і додатковою навігаційною платформою FIN 1010. Крім того, на подкрыльевые пілони встановили ще по однієї пусковий для AIM-9L, довівши їхнє число до чотирьох.

Система керування механізацією крила була дороблена таким чином, що при положенні крила 25° могли автоматично випускатися предкрылки й закрилки, 45' - тільки предкрылки, а при більшої стреловидности механізація фіксувалася. Починаючи із сорок п'ятої машини 5-й серії, сталі встановлювати більше зроблений радар AI.24 Foxhunter Type Z, здатний виявляти бомбардувальники на дальності до 230 км.

Перехоплювачі, призначені для Саудівської Аравії, оснастили доробленим локатором AI.24 Foxhunter Stage One з поліпшеною системою охолодження. Такі ж РЛС одержали й всі наступні перехоплювачі, випущені для RAF - 7 машин з Batch 6 і 17 машин з Batch 7. Крім того, на озброєння королівських ВВС прийняли 8 перехоплювачі 7-й серії (з подвійним керуванням), призначені для ВВС Оману й контракту, що залишилися в будівлі після розірвання.

Останній Tornado F.3 покинув складальний цех у березні 1993 р. У ході експлуатації "трійки" пройшли модернізацію. Спочатку їх доустатковували для застосування разом з літаками ДРЛО E-3D, зокрема, оснастили системою обміну даними JTIDS. Перехоплювачі також одержали нову апаратуру попередження про опромінення РЛС супротивника RHAWS, навігаційні приймачі GPS і більше ємні 2250-літрові ПТБ.
У ході операції "Бура в пустелі" на них установили американські пристрої для постановки Ик-Помехтгасог AN/ALE-40, а після війни - британські Vinten Vicon 78. В 1996 р. почалася планомірна робота із приведення бортового встаткування всього парку перехоплювачів у відповідність із новітніми стандартами НАТО. На початку нового століття їхній арсенал поповнили ракети AMRAAM і ASRAAM.