На початку 1990-х р. 26 машин з Batch 3 модифікували в носії нових ПКР Sea Eagle, що одержали позначення Tornado GR. Mk 1У. Перший з них (per № ZA407) піднявся в повітря 18 вересня 1993 р. Цей варіант "Торнадо" згодом не піддавався доробкам по програмі МШ, що пояснювалося зменшенням погрози, що виходить від ВМС Росії, і бюджетними обмеженнями.

Модернізація німецьких Tornado IDS проходила в значно менших масштабах. На початку 1990-х рр. літаки ранніх серій привели до відповідності конфігурації Batch 5. Крім того, їх оснастили новими підвісними станціями РЭБ Cerberus IN і приймачами GPS. В 1995 р. було вирішено закупити ізраїльські контейнери лазерного ціліше вказівки Raphael Litening, що дозволяють використовувати УАБ.

У цей час ведуться роботи із приведення парку до відповідності сучасним стандартам НАТО й сумісності з новітнім озброєнням, розроблювальним для багатофункціонального винищувача Eurofighter Typhoon. Британці розробили програму TIARA (Tornado Integrated Avionics Research Aircraft), що передбачала модернізацію перехоплювачів. Для відпрацьовування закладених у неї рішень в 1998 р. переробили й почали випробування Tornado F. 2 (per. № ZD902).

Зокрема, на ньому перед козирком ліхтаря змонтували тепловизионную станцію Firstsight IRST, розроблену "Маркони", а монохромні дисплеї в кабінах замінили на кольорові більшого розміру. Однак у зв'язку із планованим переозброєнням на "Еврофайтеры" таку модернізацію перехоплювачів визнали недоцільної.