Прицільно-навігаційна система (ПНС) складалася з ряду підсистем. Вона забезпечувала визначення місця розташування літака, видавала інформацію для ЭДСУ. Погрішність у літаководінні повинна була становити 1,8-2 км за годину польоту. ПНС також виробляла дані для прицілювання при пуску ракет і скиданні бомб. Бомбометання (поодиноко, залпом або серією) повинне було проводитися як з горизонтального польоту, так і зі складних видів маневру.

Головну роль при цьому грала многорежимная бортова РЛС фірми Texas Instruments. Вона складалася із двох окремих станцій - GMR (Ground Mapping Radar) і TFR (Terrain Following Radar), антени яких розташовувалися одна над іншою під радіо прозорим носовим обтічником. GMR призначалася для виявлення цілей, у тому числі повітряних, а також застосування зброї по наземним. Дальність виявлення наземних цілей становила 100-120 км.

Вона ж сканувала наземні орієнтири, а отримані дані потім зіставлялися комп'ютером із завантаженими в його пам'ять параметрами. Потім ці дані передавалися автопілоту, що видавав команди для проводки літака по маршруті. Станція TFR разом з радиовысотомером і датчиками параметрів польоту служила для виконання польоту з огибанием рельєфу місцевості. Вона мала досить вузький конус спрямованості: ±8° у сторони, 10° нагору, 20° долілиць і дальність виявлення до 40 км.

Станція була здатна ідентифікувати такі перешкоди, як високовольтні лінії електропередач. Для відпрацьовування елементів бортового встаткування літака було задіяно дві літаючі лабораторії на базі британських палубних бомбардувальників Buccaneer.Для РА-200 розробляли досить зроблену систему відображення інформації. Найбільш важливі дані про цілях, прицільні марки й пілотажні дані виводилися на індикатор на лобовому склі HUD (Head-up Display).